Maël-Pestivien vient de « Maël » (saint breton), de « penn » (bout) et de « stivien » (sources).

Maël-Pestivien est un démembrement de l'ancienne paroisse primitive de Mael. Son nom apparaît dans une charte de 1160 énumérant parmi les biens des Hospitaliers de Saint-Jean-de-Jérusalem "l'aumônerie de Mael". 

Cette ancienne paroisse du diocèse de Quimper avait pour succursale Le Loc'h ou Le Loch (chef-lieu de la commanderie de Maël et Louch, appartenant aux chevaliers de Saint-Jean de Jérusalem). Ce prieuré des Templiers, dont héritèrent plus tard les chevaliers de Saint-Jean de Jérusalem ou de Malte, dépendait de la commanderie du Paraclet ou de La Feuillée. Les Hospitaliers y possédaient plusieurs biens : 72 quevaises, l'église Saint-Laurent ainsi que les chapelles Saint-Pierre de Kerismaël (Kernillismael, en 1536) et Saint-Jean de Locmaria.

Certains lieux-dits tels que Minihi (parcelle située près de Kerismaël) semblent révéler la présence d'un ancien ermitage. Le 28 octobre 1832, Le Loch sera détaché de Maël-Pestivien et annexé à Peumerit-Quintin (par l'ordonnance du 28 octobre 1832).

Une compagnie de la garnison occupe au nom du roi le château de Kerauffret (ou Keroffret) le 3 mai 1596. Le même château est envahi par les Ligueurs le 26 juillet 1596 et le 20 août 1596, puis par les Espagnols le 22 août 1596. Le 20 janvier 1597, a lieu une nouvelle incursion des Royaux à Kerauffret.

Maël-Pestivien faisait jadis partie de l'évêché de Quimper et avait pour subdélégation Callac et pour ressort Carhaix. La cure était présentée par le commandeur du Paraclet qui possédait une haute justice. Role des décimes en 1774 : Stéphan, recteur, 5 livres 9 sols. La Fabrice, 5 livres 12 sols 6 deniers. Le Rosaire, 1 livre 5 sols. Saint-Gildas, 1 livre 5 sols. Durant la Révolution, la paroisse de Maël-Pestivien (y compris Pestivien et Le Loc'h) dépendait du doyenneté de Callac

On rencontre les appellations suivantes : Mael (en 1160), Mel (en 1433), Mael (en 1444, en 1535, en 1536), Maël-Pestivien (dès 1790). 

Note 1 : Maël-Pestivien, le 18 juillet 1675. - Révolte des Bonnets Rouges. — Une troupe considérable de paysans, armés de fusils, mousquets, piques et bâtons ferrés et, parmi eux, messire Thomas Poulain, recteur de Pommerit, pillent le manoir de Kerbastard, appartenant au baron de Beaulieu et à leur retour, la plupart pris de vin, font subir le même sort à la maison de Gilles Dupré, hôte, au bourg de Maël-Pestivien (Archives départementales du Finistère, série B. Cour royale de Carhaix – J. Lemoine).

Note 2 : la commune de Maël-Pestivien est formée des villages : Kerbrat, Keredet, Kerouen, Keris-Maël, Crec'h-di-Dec'h, Kerbalain, Kerlan, etc...